京都・舞鶴港で開催される海上自衛隊イージス艦体験航海に来たコナンや蘭、小五郎たち。ハイテクなシステムで武装された迫力のあるイージス艦の航行を楽しんでいたところ、突如轟音が鳴り響く。艦内に緊張が走る中、自衛隊員の遺体が左腕のない状態で発見される。不審な点を見つけ捜査に乗り出したコナンは、艦内に某国のスパイ“X”が潜入していることを知る。しかしその背景には、日本全土を揺るがす巨大な陰謀がうずまいていた……。