アメリカ合衆国大統領によりG.I.ジョー抹殺の命が告げられた。実は大統領は、世界征服を狙うテロ組織“コブラ”の一員にすり替わっていたのだ。突然の攻撃を受けたG.I.ジョーは数人を残して壊滅する。一方、コブラの暗殺者ストームシャドーにより、囚われていたコブラの最高司令官コブラコマンダーが脱出。コブラは世界征服に向けて動き出す。生き残ったG.I.ジョーたちが助けを求めに行ったのは、伝説の司令官で“初代ジョー”のジョー・コルトンだった。