イーサン・ハントの所属する諜報組織、IMFことImpossible Misshion ForceはCIAから睨まれ、解体となる。国際的スパイ組織・シンジケートを追っていたイーサンは、催眠ガスにより謎の男の手に落ちるが、謎の美女に助けられた。イーサンはそのまま姿を消し、国際指名手配に。潜伏してシンジケートのことを調べていたイーサンは、ウィーンのオペラ座で謎の美女・イルサと再会。彼女はシンジケートに潜入している英国のエージェントだった…。