巨人から人間に戻ったエレンはクバル団長に捕らえられ、憲兵団たちから銃を向けられていた。エレンを守ろうとしたソウダは殺され、ミカサやアルミンはなす術もない。そんな時、知性を持った新たな巨人が現れ、エレンを連れ去ってしまう…。エレンが目を覚ました時、そこにはシキシマがいた。エレンを巨人の手から取り返したと言うのだ。シキシマはそこで、なぜ巨人が生まれたのか、巨人とは何なのか、世界の秘密をエレンに告げる。