「第3のS」として新設された警察庁特殊急襲捜査班「NPS」（National Police Safetyrescue）。既にあるSATの機動力とSITの捜査権を併せ持ち、犯人の生死を問わない制圧ではなく、生かしたまま捕える確保を目的とした彼らは、発足以降数々のテロ事件や捜査で実績を積み上げ、日本の治安を守る新たな砦として注目を集めていた。普段と変わらない生活を送る人々。揺らぐことのない平穏。その日常を切り裂くかのように、突如、バスジャック事件が発生。出動要請を受けて現場に急行する神御蔵一號をはじめとしたNPS。だが、犯人からの要求は未だになく、メンバーは現場の状況に違和感をおぼえる。そんな中、太平洋沖で巨大な輸送船も何者かによって乗っ取られる緊急事態が。積載した貨物は日本全土を燃やし尽くすほどの核燃料。未曽有の事件に備え、緊急招集された首相はじめ閣僚が集まる官邸へ犯人と名乗る男から電話が入る。「裸で私はこの世に来た。裸で私はこの世から出ていかなければならない」スピーカーから響き渡るのは、あの因縁の男の声だった……。