1983年、文明の誕生以前から、「神」として君臨していたアポカリプスが、数千年の眠りから目を覚ます。人間の文明が間違った方向に発展したと考えるアポカリプスは、新たな秩序をもたらそうと、マグニートーら強力なミュータント4人“黙示録の4騎士”を率いる。その流れを危険視したのはミスティーク、プロフェッサーX、サイクロップス、ストームらの若きX-MENたち。最強の存在、アポカリプスをめぐり、X-MENのかつてないバトルが始まった。黙示録が現実となり、現代文明は終末を迎えしまうのか？