旅をするサトシたちの前に、空から突然大きなポケモンが降ってきた。落下の衝撃で土煙が舞う中現れたのは、幻のポケモン・ボルケニオン。人里離れた「ネーベル高原」で、人間に傷つけられたポケモンたちと共に暮らすボルケニオンは、実は人間たちのことが大嫌い。サトシたちをよそに急いで立ち去ろうとするボルケニオンだが、なぜかサトシまで一緒に引っ張られてしまう。二人は不思議な鎖でいつの間にか繋がってしまっていたのだ。仕方なくボルケニオンは、衝突してばかりのサトシを引きずりながら、アゾット王国を目指して走り始めた。一方、巨大な歯車が回り続ける超カラクリ都市・アゾット王国の大臣ジャービスは、長年探し求めていた究極の発明を手に入れていた。