2016年、死刑囚カラム・リンチの刑が実行される。しかしカラムが目を覚ますと、そこはある財団のリハビリ施設だった。DNAの記憶を呼び覚ますアニムスという装置で、ルネサンス期のスペインで目覚めたカラムは、アサシンの戦士アギラールとしてテンプル騎士団と戦っていた。アサシン教団の末裔であるカラムから、人心をコントロールできるという「エデンの果実」の場所を探ろうとしていたのだ。