大好きな祖父エイブを亡くした孤独な少年ジェイクは、遺言に従って生まれ育ったフロリダから小さな島へやって来る。森の中で辿り着いたのは古めかしい屋敷。そこでは空中に浮かんだり、指先から火を放ったりする特殊な能力を持つこどもたちが暮らしていた。外の世界では生きられない彼らを守るのは時間を操る能力を持つ女主人ミス・ペレグリン。やがてジェイクも自分に特殊な力があることに気づくのだった。