マサラタウンに住む少年サトシは、ポケモントレーナーになる資格を得ることができる、10歳の誕生日の朝を迎えていた。まだ見ぬポケモン、まだ見ぬ世界への憧れを胸に、オーキド研究所で仲間となるポケモンをもらうはずが、大寝坊をしてしまったサトシに残されていたのは、人間に懐こうとしない、残りのポケモンのピカチュウだった。ぶつかり合いながらも、少しずつ友情を深めていくふたりだったが、旅立ちの日に空を飛んでいた伝説のポケモン・ホウオウを見上げ、虹色の羽根を手にサトシとピカチュウは「いつか一緒に、あいつに会いに行こうぜ！」と誓ったのだった。こうして世界一のポケモンマスターになるため、旅を始めたサトシとピカチュウは、途中でトレーナーのマコトとソウジに出会い、ホウオウに関する言い伝えを聞かされる。いつの間にかサトシの影に潜んでいた、謎のポケモン・マーシャドーに導かれるようにして、サトシたちはホウオウが住むテンセイ山を目指す。