植民地惑星を目指して地球を旅立った宇宙船コヴェナント号。船内を管理しているのはアンドロイドのウォルターで、2000人の入植者と乗組員は冷凍睡眠されていた。ところがアクシデントにより、乗組員が休眠から目覚める。船体の修理中、コヴェナント号は近くの惑星から人間が発信したと思われる電波を受信。その惑星が居住可能と思われることから、そこへ向かう。しかしその惑星は豊かな自然に恵まれているものの、なぜか動物の姿はなかった。