エドとアルのエルリック兄弟は母親を生き返らせようと禁忌の錬金術・人体錬成を行った。結果は失敗に終わり、アルは体全部を失って鎧の身体になり、エドも右腕と左脚を失ってしまう。やがて鋼の義肢・オートメイルを着けて国家錬金術師となったエドは“鋼の錬金術師”という二つ名で呼ばれるように。失った身体を取り戻すため、アルとともに「賢者の石」を求めて旅をしていたエドは、偽物の賢者の石を持つ男と出会う。彼らの背後には、人造人間ホムンクルスがいた…。