皇歴2017年。神聖ブリタニア帝国の元皇子ルルーシュは、目と脚の不自由な妹と共にブリタニアの占領下であるかつての日本、エリア11で隠れるようにして日々を過ごしていた。しかし、ある事件をきっかけに謎の少女C.C.と出会い、いかなる相手にでも命令を下せる絶対遵守の力“ギアス”を手に入れたルルーシュは、最愛の妹が安心して暮らせる世界を作るために、世界への反逆を開始する。