かつて悪の科学者Dr.ヘル率いる地下帝国によって滅亡の危機に瀕した人類は、兜甲児が操るスーパーロボット・マジンガーZや光子力研究所の仲間の手によって、悪の野望を阻止し、平和を取り戻した。あれから10年。パイロットを離れ、祖父や父のように科学者の道を歩み始めた兜甲児は富士山の地中深く埋まった超巨大構造物と謎の生命反応に遭遇する…。