7歳のメアリーと彼女を男手ひとつで育ててきた叔父のフランク。メアリーが初めて小学校に登校した日、学校でトラブルを起こしてしまう。彼女は生まれついて数学の天才だが、周囲との協調性に欠けていた。フランクはそんなメアリーを“ふつう”の子供らしく育てようとしていたが、縁を切ったはずのフランクの母親が現れ、英才教育を与えるためメアリーを連れ去ろうとする。メアリーにとっての幸せはどちらなのか、フランクは悩む。