仮面の反逆者ゼロとして、反ブリタニア勢力・黒の騎士団を増強していくルルーシュと、第2皇女ユーフェミアの騎士に任じられるスザク。それぞれに力をつけていく二人に運命の転機が訪れる。エリア11副総督としてユーフェミアが行政特区「日本」の発足を発表したのだ。行政特区日本の実現は、黒の騎士団の存在意義の消失を意味する。状況を打開するため、ユーフェミアとの面会を試みるルルーシュ。しかし、これが新たな悲劇の幕開けとなった。結果的に、黒の騎士団を中心とした反乱ブラックリベリオンは失敗に終わり、囚われたルルーシュは仮面と記憶を奪われた。「ニセの記憶」という檻に閉じ込められたルルーシュ。守るべきユーフェミアを失い、神聖ブリタニア皇帝直属の騎士ナイトオブラウンズの一員となったスザク。二人を中心に世界は再び動き始める。