明治維新後の滋賀県・大津。300年に一度蘇り、人に災いをもたらすという巨大な力を持つ大蛇（オロチ）。大蛇復活の年、その力を阻止するために立ち上がった曇神社を継ぐ曇家の長男の曇天火、次男の空丸、三男の宙太郎の曇天三兄弟と、明治政府右大臣・岩倉具視の直属部隊・犲は、それぞれ違った方法で大蛇の力を再び封印し、日本に平和をもたらそうとしていた。しかし、その力を手に入れ明治政府を転覆させるため動き出した最強の忍者集団・風魔一族の暗躍により、曇天三兄弟の行く手は阻まれてしまう。