人間によるアマゾン殲滅作戦が佳境を迎えた。この世に生存が確認されているアマゾンは残り2体、“水澤悠／仮面ライダーアマゾンオメガ”と“鷹山仁／仮面ライダーアマゾンアルファ”。この2体を狩れば、すべてが終わる、はずだった。「アマゾン畜産計画」と謎の養護施設、水澤悠を追うアマゾン駆除組織4C、共生と競生、肉食と草食…。新たな出会い。さらなる死闘。そして、「現代に生きるもの」の狭間に立つヒーローの苦難と葛藤に、終止符が打たれる。激しい運命に翻弄された悠と仁の決着と共に。