WCKDに囚われたミンホを救うため、トーマスと仲間たちはミンホを乗せた列車を襲う。車両ごと仲間たちを救いだすが、そのなかにミンホはいなかった。トーマス、ニュートらはレジスタンスのリーダーであるヴィンスの反対を押し切って、WCKDの本部があるラスト・シティへ向かう。そこでミンホはフレアウィルスの抗体を作るための実験台となっていた。そこではかつて彼らとともにグレードから逃げだしたテレサがミンホの実験を行っていた…。