レスキュー・ダイバーのジョナス・テイラーは、SOSを受けて潜水した東シナ海で、信じられないほどの巨大なサメ“MEG”を目撃するが信じる者はおらず、同僚を死なせた責任をとって、海難救助の一線から退いた。それから5年。未知の海溝を発見した直後、消息を絶った探査船の乗組員を救出するべく、テイラーに白羽の矢が立つ。元妻が乗組員だったことを知り、彼は現地へ向かうことに。そんなテイラーの前に、5年前に遭遇した全長23メートルの“MEG”が、再び姿を現した。