8歳の時に両親が失踪した高校生のピーター・パーカーは、ある日、科学者だった父親が残した研究ノートを見つける。父の研究パートナーだったコナーズ博士をオズコープ社に訪ねたピーターは、そこで特殊なクモに噛まれて以来、身体に異変が起こり、不思議なパワーを発揮するようになってしまった。その頃、ピーターの父の残した数式をもとに異種間遺伝子交配の研究を完成させたコナーズ博士は、自分の体で人体実験を行っていた…。