悪の組織“フット軍団”がニューヨークの街を暴力で脅かしていた。TVレポーターのエイプリルは、フット軍団を追ううち、その犯罪を打ち砕く謎の集団を目撃する。彼らの正体は巨大化した4匹のミュータントタートルだった。レオナルド、ラファエロ、ミケランジェロ、ドナテロという名のタートルズは、下水道の中で養父でありセンセイ（先生）のマスター・スプリンターによって指導され、ニンジャとしての技を身につけていたのだ。しかしフット軍団のボスであるシュレッダーの魔の手が、エイプリルとタートルズに迫っていた。