偉業を成し遂げる運命にあることを示す“サイン”をもって、夜空の下で生まれたジュピター・ジョーンズ。だが、成長した彼女は星々を夢見ながらも、目覚めるとそこにあるのは、他人の家のトイレ掃除の仕事に、果てしなく繰り返される失恋という味気ない現実の日々。だが、遺伝子操作された元軍人のハンター、ケインが彼女を見つけるために地球にやってきたとき、それは変わる。ジュピターは、生まれてからずっと自分の待っていた運命が何であるかを少しずつ理解し始める。彼女の遺伝子特性は、宇宙のバランスを変えてしまうかもしれない、ケタ外れの能力を受け継ぐ人物であることを示していた･･････。