2029年、ロサンゼルス。そこでは人類の抵抗軍と機械軍の最後の戦いが行われていた。ジョン・コナー率いる抵抗軍が機械軍の中枢部に入ると、すでにジョンの母、サラを殺すためにターミネーターが過去に送り込まれた後だった。ジョンは戦士カイル・リースを1984年の世界に送り込む。しかしカイルが1984年に到着した途端、待ち受けていたT-1000型ターミネーターが彼を襲う。そこに彼を助けに来たのは、サラとT-800型ターミネーターだった。過去はすでに書き換えられており、カイルが予測しない世界がそこにはあった。