デスノートを駆使して世の中に野放しになっていた凶悪犯を次々と死に追いやったキラこと夜神月と、命をかけてキラを食い止めたLとの天才同士の対決から10年。再び、死神が地上にデスノートをばらまき、世界中が大混乱に陥っていた。夜神総一郎が立ち上げた＜デスノート対策本部＞は存続していた。すでに亡くなった夜神総一郎の跡を継ぐべく、キラ事件に精通した三島を筆頭に、唯一10年前のキラ事件を経験した松田ほか5人の対策特別チームの捜査官たちを中心に警視庁内に本部を構えていたのだ。ロシア、ウォール街、そして渋谷でのデスノートによる大量殺人が行われる中、世界的私立探偵にして、“Lの正統な後継者”竜崎が加わり事件解明に当たり、地上には6冊のデスノートが存在することが判明する。その矢先に、キラウィルスと呼ばれるコンピューターウィルスが世界中に拡散された。そのメッセージとは「他の所有者に次ぐ。速やかに私に差し出せ」とデスノートの提出を呼びかけていた……。