晴れて結婚したグルーとルーシーの前に、人類を脅かす新たな悪党バルタザール・ブラットが立ちはだかる。過去の栄光にすがって1980年代のファッションに身を包む元子役スターは、反悪党同盟をクビにするほどグルーを窮地に追い込む。そんなグルーが、これを機に悪の道に戻ってくれるのではないかと期待するミニオンたちだったが、その世界からは足を洗ったと告げられる。ミニオンたちはグルーと決別し、生きがいを求めて新たな最強最悪のボス探しの旅を始めるが…。