高度な知能を得た猿と人類の全面戦争が勃発してから2年後。シーザー率いる猿の群れは森の奥深くに身を潜めていたが、ある夜奇襲を受け、シーザーの妻と年長の息子が落命。敵の軍隊を統率する大佐への憎しみから、シーザーは仲間たちを新たな隠れ場所に向かわせ、穏やかなオランウータンのモーリスやシーザーの片腕的な存在のロケットらを伴い復讐の旅に出る。道中、口のきけない人間の少女ノバや動物園出身の奇妙なチンパンジー、バッド・エイプを加え、大佐のアジトである巨大な要塞にたどり着いた一行。しかし復讐心に燃えいつもの冷静な判断力を失ったシーザーは、執拗に彼を狙う大佐に捕獲されてしまう。そこで新天地に向かったはずの仲間たちがこの刑務所のごとき施設に監禁され過酷な重労働を課せられていることを知り、責任を痛感したシーザーは大切な仲間を希望の地へと導くため、命がけの行動に出る。