太平洋上に新しい火山が突如出現したある日。ひょんなことから「宝島を見つける！」と宣言してしまったのび太は、ドラえもんにひみつ道具“宝探し地図”を出してもらう。宝島を見つけてくれるその地図が指し示したのは、太平洋上の新しい島だった。のび太と仲間たちは帆船・ノビタオーラ号でその島へ向かう。しかし途中で海賊たちに襲われ、しずかちゃんがさらわれてしまった。その後、のび太たちは宝島の秘密を知るフロックという少年と出会う…。