近未来の日本、ドッグ病が蔓延し、人間への感染が恐れられているメガ崎市では、小林市長がすべての犬をゴミの島である“犬ヶ島”に追放する。数ヶ月後、その島に12歳の少年が小型飛行機でやってくる。孤児になり市長の養子になっていたアタリだ。アタリは自分の護衛犬だったスポッツを探しに来たのだった。島で出会った5匹の犬たちと、アタリはスポッツを探しに島を巡る旅に出る。一方、メガ崎市では、犬を全滅させる陰謀が進められていた。