東京サミット開催の地となる東京湾の新施設“エッジ・オブ・オーシャン”。サミットが開催される5月1日には、2万2千人もの警察官が出動するというこの超巨大施設で突如、大規模爆破事件が発生！そこには、全国の公安警察を操る警察庁の秘密組織・通称“ゼロ”に所属する安室透の影があった。サミット当日ではなく事前に起きた爆破事件と、秘密裏に動く安室の謎の行動に違和感を禁じ得ないコナン。その時、現場の証拠品に残された指紋が、かつて警視庁に在籍していた毛利小五郎の指紋と一致してしまう！これは何かの陰謀なのか。小五郎の逮捕を巡って敵対し始めるコナンと安室。果たして謎の存在・安室透は、敵なのか、味方なのか？