西暦2740年。連邦捜査官のヴァレリアンとローレリーヌは宇宙の平和を守る任務に就き、銀河をパトロールして回っている。ふたりは“アルファ宇宙ステーション”へと向かう。そこは長い年月を経て拡張を続け、あらゆる種族が共存する“千の惑星の都市”として銀河にその名を知られていた。しかし、その深部には邪悪な陰謀と、宇宙の歴史から抹殺されようとしていた“秘密”があった…。果たしてヴァレリアンとローレリーヌは“千の惑星の都市”と銀河の危機を救うことができるのか…？