環境破壊やウィルス感染による遺伝子崩壊で滅亡に向かう地下世界を舞台に、
人類生存をかけた、JUNK HEADの奇妙で未知なる冒険が始まる――
人類は遺伝子操作により長寿を得たが、代償として生殖能力を失った。さらに環境汚染、ウィルス感染により、世界は滅亡への道を歩んでいた。新たな命を生み出すカギは、地下で独自に進化した人工生命体マリガンに隠されていた。今、未来を救うために“主人公”が迷宮へと潜入する─！