コンピュータープログラマーのネオ。凄腕ハッカーという別の顔を持つ彼は、最近“起きてもまだ夢を見ているような感覚”に悩まされていた。そんなある日、自宅のコンピュータに、不思議なメッセージが届く･･･。正体不明の美女トリニティーに導かれて、ネオはモーフィアスという男と出会う。そこで見せられた世界の真実とはー。