武装要塞都市＜メカゴジラシティ＞を起動させ、＜ゴジラ・アース＞に挑んだハルオたちだったが、この作戦の中、かねてより共存してきた異星人種族の一つビルサルドと人間たちとの亀裂が表面化する。＜ゴジラ・アース＞を倒す唯一のチャンスを捨て、ハルオはビルサルドのリーダー・ガルグを葬ってしまう。一方、ハルオの幼馴染であるユウコはビルサルドによる人体の強制ナノメタル化により、脳死状態に陥ってしまった。人間たちに広がる敗北感と虚無感。もう一方の異星人、宗教種族エクシフの大司教・メトフィエスは、ハルオが戦いに生き延びたことは“奇跡”だと唱え、信者を増やしていく。それはエクシフが秘め隠してきた“究極の目的”のためだった。やがて、＜ゴジラ・アース＞を打ち倒す者がいなくなった地球に、金色の閃光を纏った＜ギドラ＞が降臨し、天地を揺るがす超次元の戦いが始まる。