1960年代の東京・さくら元町。貧しくも幸せに暮らしていた少年・シンは、たった一人の家族である母親を亡くし、不幸のどん底に。そんなシンを救った少年・イツキ。彼もまた、姉を亡くしていた。ふたりの少年は、妖怪が見える少女・タエを仲間に加え、シンの守護霊・スーさん、そして猫又などの新たな妖怪たちと共に大切な家族の魂を取り戻すため、不思議な事件に立ち向かう。そして、そこには衝撃の事実が待ち受けていた…。