まだ幼かったあの日。父はアネモネを残して戦いに赴き、そして帰ってこなかった。アネモネの小さな胸に深く残る後悔。彼女の心を支えたのは、ぬいぐるみのガリバーとAIコンシェルジュ・ドミニキッズ。7年が経過し、アネモネは父が散った戦場＝東京にいた。アネモネは実験部隊アシッドが実行する作戦の要として、人類の敵「7番目のエウレカ＝エウレカセブン」と戦わなくてはならないのだ。エウレカセブンにより追い詰められた人類は、もはやアネモネに希望を託すしかなかった。そしてアネモネは、エウレカセブンの内部へとダイブする…。