常磐ソウゴと桐生戦兎の世界に、異変が生じていた。まるで別人と入れ替わるように、仲間たちが次々と記憶を失っていくのだ。さらに、二人の前に現れたスーパータイムジャッカー・ティード。彼はアナザー電王とアナザーWという強力な手先を差し向け、一人の少年・シンゴを追っていた。シンゴを守る戦いの中で、ソウゴは仮面ライダー好きの青年アタルに出会う。一方ティードに単身戦いを挑んだ戦兎は、洗脳され操られてしまい…。強大な敵を前にシンゴを救おうともがくソウゴたちだったが、そんな中アタルがある告白をする。「仮面ライダーは、現実の存在じゃない。」彼は謎のイマジン・フータロスと密かに契約を結んでいた。なぜ、いつから、仮面ライダーは虚構の存在となってしまったのか？謎が深まっていく中、ソウゴと戦兎が追うティードの姿は、初代平成仮面ライダー誕生の地・九郎ヶ岳遺跡にあった…。