ハンドボール部に所属する中学生・琉花は、トラブルで夏休み早々部活禁止になってしまう。やさぐれた彼女は、シューズを買うためのお金で東京へ行き、そこで海の生物と交感する力をもつ不思議な少年、海と出会う。翌日、父親の勤務する水族館で、海と再び会った琉花は、父親に海の面倒を見ることを命じられた。いなくなった海を探しに浜辺に出た琉花は、海の双子の兄、空とも出会う。海と比べ軽い性格の空に、琉花は反発しながらも交流を深めていく。同時期、海には隕石が落ち、世界では“白斑”を持つ魚が光となって消える現象が多発していた。