ある日、幼稚園生になるボニーは学校の工作でフォーキーを作り家に持ち帰る。ウッディはみんなにボニーの今1番のお気に入りである彼を快く紹介するが、フォークやモールでできたフォーキーは自分を“ゴミ”だと認識し、「ボクはおもちゃじゃない！」とボニーの元から逃げ出してしまう。彼を連れ戻そうと追いかけるウッディは説得を試みるが、フォーキーに伝わらない。感覚のズレた2人がボニーの元に戻る道すがらアンティークショップでボー・ピープのランプを発見し、ウッディは思わずお店に侵入してしまう。そこには、かつての仲間で今は持ち主はいないが外の広い世界を知ったボー・ピープが！一方、なかなか戻ってこないウッディとフォーキーを心配したバズたちも2人の捜索へ乗り出すが…。

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※4DX版：4DX版は身長100cm未満の方はご入場いただけません。
※4DX版以外：3歳未満入場可