国土の大半を地殻変動による水没で失った日本。その後次々と築かれた海上都市と、都市間を結ぶ航路の増加に伴い、海の安全を守る職業「ブルーマーメイド」が誕生した。「ブルーマーメイド」に憧れ横須賀女子海洋学校に入学した岬明乃は、教育艦「晴風」の艦長に任命され、クラスのメンバーとともに海洋実習に参加する。彼女たちを待ち受けていたのは、数々の危機だった。数々の困難を乗り越えて成長した晴風メンバーたち。そんな彼女たちに、新たな危機が…。

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