1960年代末期のベトナム。出口が見えないベトナム戦争の中、アメリカ陸軍のウイラード大尉はサイゴンに戻り、特殊任務を命じられる。それはカンボジアの奥地で軍の命令を無視し、自らの王国を築いているカーツ大佐を暗殺せよというものだった。ウイラードは4人の部下と共に哨戒艇に乗り、川を遡っていく。彼らが見たものは、サーフィンのために村を攻撃するヘリ部隊、ジャングルのステージに登場したプレイメイトたち、指揮官のいない戦闘、過去に生きるフランス人農園の人々など、混沌とした世界だった。