そこはあなたの体内。あなたのために、細胞たちがはたらいている世界。ある日、白血球（好中球）と赤血球は、迷子の乳酸菌を保護した一般細胞と出会う。乳酸菌を仲間のもとに届けるため、腸に向かう白血球（好中球）と一般細胞。だがそこに待ち受けていたものは、かつて倒した敵との望まざる再会だった。
「僕とキミたちのどちらが正義か、はっきりさせよう」
復活するがん細胞。悪化する腸内環境。そして腸壁の向こうから悪玉菌が現れ、体内は大ピンチに！？「やめるんだ、がん細胞──！」がん細胞の計画を阻止し、この世界を守るため、白血球（好中球）たちは最強の敵に立ち向かう！
世界の命運をかけた血戦が、ここに幕を開けた。