未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。
再び滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや人型戦闘兵器・衛人のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。なんとか勝利をおさめたのだった。
あれから10年−。
シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。
つむぎも、今やシドニアの英雄となった長道に想いを寄せながら、穏やかな日々を過ごしている。
だが、艦長・小林は分っていた。
ガウナがいる限り、この平穏は長く続かないことを。
そして、人類の存亡をかけ、最終決戦を決断する。
愛する人を守るため、シドニア最後の戦いがついに始まった。