エインズワースとの激闘からひと時の休息。

美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、
この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。
それは美遊の悲しい運命であり、
美遊のために兄・士郎が命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。

人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。
美遊のために世界の敵となると決めた士郎。
相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。

「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」

大切な人たちと笑いあえる明日を作るために―。
魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！