1988年7月、関東地区に新型爆弾が使用され、第三次世界大戦が勃発した。

31年後― 2019年東京湾上に構築されたメガロポリス、ネオ東京は翌年にオリンピック開催を控え、かつての繁栄を取り戻しつつあった。

健康優良不良少年のグループリーダー・金田は、荒廃したこの都市でバイクを駆り、暴走と抗争を繰り返していた。ある夜、仲間の鉄雄は暴走中、奇怪な実験体の少年と遭遇し、転倒負傷。呆然とする金田たちの前で、彼らは軍の研究所へと連れ去られてしまう。

鉄雄救出のために研究所へ潜入を試みる金田。だが、彼はそこで、過度の人体実験により新たな「力」に覚醒した、狂気の鉄雄を見る。

一方、研究所内の特殊ベビールームでは、実験体の少女が、「最高機密 = アキラ」の目覚めを予言。

鉄雄は自らの力の謎に近づくべく、地下深く眠る「アキラ」への接近を開始した―