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アンヌと五右衛門の最強コンビ、ここに完全復活!!

女海賊アンヌ・デ・アルワイダが天下の大泥棒石川五右衛門とともに、コルドニア王国の混乱を収め、女王となって十数年。
ある日、医者で科学者のケッペル・レンテスが滞在するデルソル島を、コルドニアの軍勢が襲う！訳あって島にいた五右衛門は軍勢を追い払い、アンヌの真意を確かめるため、ケッペルとコルドニアへ向かう。
そしてヨーロッパではソルバニアノッソ王国の女王、マリア・グランデが隣国ボスコーニュ公国を併合！国王シャルル一世が海難事故で生死不明の今、弟のラウル・ド・ボスコーニュは不利な条件での併合を受け入れるしかなかった！
得意満面のマリアが主催する祝賀会にロザリオ・イクシタニアと出席したアンヌは、マリアに対して、我らの自由を侵す者には決して屈さないと宣言!!
一方、コルドニアに着いた五右衛門は、かつての同業、ボルマン・ロードスと再会。デルソル島の一件が彼の仕業と気づくが、その策にはまり、身動きを封じられてしまう。
外にマリア、内にボルマン。二つの脅威に挟まれるアンヌと五右衛門。
親友エリザベッタとその息子ベルナルドやマリアの息子マクシミリアン・ド・ラブズブールも巻き込み、事態は風雲急を告げる。
そしてコルドニアに魔の手が迫る中、アンヌにも予想外の事態が！
果たしてアンヌは己の誇りにかけて、国と民を護れるか――!?