寄生生物・ミギーと共生する泉新一は、ひそかにジャーナリストの倉森につけられていた。彼はパラサイトの田宮良子から情報を得て、新一の秘密を知ったのだ。その頃、新一の暮らす東福山市では、市長の広川を中心にパラサイトたちのネットワークが作り上げられていた。パラサイトたちは倉森の存在を知り、彼の家族を狙う。一方、パラサイトの存在に気付いた警察も、対パラサイト特殊部隊を結成し、東福山市庁舎に奇襲を仕掛ける。