壮麗と退廃、繁栄と貧窮が運河を隔てて共存する都市「リブラシティ」。若き女性刑事・ソニアは、街で頻発する不可思議な事件を追う中で、“ベム・ベラ・ベロ”と呼ばれる3人と出会う。醜い姿に変身する彼らはやがて妖怪人間と名付けられ、事件の容疑者として追われることとなるが、彼らこそが事件を解決し人々を助けているのだった。すべては「人間になりたい」という願いを叶えるため。
リブラシティを裏で操る「見えざる議会」が事件の黒幕であることを突き止めたベムたちは、その首魁であるもう1人の妖怪人間・ベガと対峙する。運河をつなぐ橋を破壊するほどの激闘の結果、ベムたちは姿を消したのだった…。それから2年。ベムの行方を探し続けていたソニアは目撃情報を元に「ドラコ・ケミカル」という製薬会社を訪れる。そこで出会ったのはベムに瓜二つの人間“ベルム・アイズバーグ”だった…