美しき魔女ショコラティエ・哀川ショコラが作るのは、食べるだけで願いが叶う不思議なチョコレート。ある日、哀川ショコラの元に聖蘭学園に通う女子高生が訪れる。その女子高生は、｢チョコを食べた者は、お代としてその者の“一番大切なもの”を奪われる」という危険な契約を聞かされるが、彼女は契約を受け入れ、チョコを食べる。そしてその日から、聖蘭学園内に次々と謎の事件が起き…。一方、学園の新聞部に所属する飯田直はそれらの事件を追う。直は事件に隠された闇深い欲望と、チョコの謎に迫っていくが…。