ボディガードや探偵を請け負う凄腕のスイーパー（始末屋）＝「シティーハンター」ことリョウは、相棒のカオリとともに日々さまざま依頼を請け負っていた。そんなふたりのもとにある日、その香りをかいだ者を虜にする「キューピッドの香水」の奪回という危険な任務が依頼人から持ち込まれる。狙われた香水の背後には”ユニオンテーペ”なる謎の組織が絡んでいるらしい。香水が悪用されれば世界は危機に陥ることは必至だ。タイムリミットは48時間……。